L’esposizione museale si articola in tre sezioni (dedicate rispettivamente all’età preistorica e protostorica, all’epoca romana e al periodo tardo-antico e medievale), con un percorso di visita che comprende in tutto sei sale. Vi trova spazio un considerevole numero di reperti di grande interesse storico e archeologico, che offrono, nel loro insieme, una significativa testimonianza della ininterrotta presenza umana nel territorio acquese, fornendo una visione complessiva del popolamento della città, dalla più remota antichità fino alle soglie dell’età moderna.
La prima sala è dedicata alla preistoria, con testimonianze materiali che comprendono, fra gli altri, numerosi manufatti in selce scheggiata risalenti al periodo paleolitico e mesolitico e asce in serpentinite (la cosiddetta “pietra verde”) levigata di epoca neolitica. L’età del Bronzo è attestata da numerosi reperti ceramici e soprattutto dagli utensili in bronzo (punte di lancia e di giavellotto, lame, rasoi) rinvenuti nel celebre ripostiglio del Sassello (di cui sono presentati i calchi in resina).
Nella seconda sala, relativa all’età del Ferro, sono esposti vari materiali (in particolare ceramiche ed elementi ornamentali in metallo) che contribuiscono ad illustrare la cultura indigena dei Liguri Statielli ed il processo di progressiva romanizzazione del territorio che porterà alla formazione della città romana. Di notevole interesse sono soprattutto due frammenti di ceramica a vernice nera di produzione etrusca (risalenti al III secolo a.C.), che testimoniano in maniera significativa gli intensi contatti di queste popolazioni con l’Italia centrale.
Si entra quindi nella sezione dedicata all’epoca romana, che costituisce il settore più importante del museo. Questa parte, comprendente tre sale, è stata organizzata in chiave tematica: ogni sala illustra infatti, attraverso i materiali archeologici esposti, un aspetto specifico dell’antica Aquae Statiellae. Nella terza sala, dedicata all’ambito funerario, sono presentati alcuni dei corredi più significativi delle numerose tombe di età romana, rinvenute soprattutto lungo il tracciato dell’antica via Aemilia Scauri: due di queste tombe (una, più ricca, del tipo “a cassa laterizia” e l’altra costituita da un semplice cinerario in pietra con struttura di protezione in tegole) sono state fedelmente ricostruite, a scopo illustrativo, al centro dell’ambiente. Le sepolture coprono un arco cronologico di alcuni secoli, corrispondente alla piena età imperiale (I-III secolo d.C.), anche se non mancano pure testimonianze di epoca più tarda (come una tomba rinvenuta in Regione Marchiolli e datata al IV secolo d.C.). L’aspetto monumentale delle necropoli urbane è invece documentato dalle notevoli stele e lapidi funerarie in pietra, che fungevano da segnacolo tombale: fra queste è soprattutto da ricordare quella, assai famosa e riccamente decorata, di C. Mettius, in cui il giovane defunto è ritratto insieme ai genitori.
All’urbanistica e all’architettura dell’antica Aquae Statiellae è dedicata la sala successiva. Al centro, la sala ospita la ricostruzione della grande fontana della “Bollente” di epoca romana, realizzata in blocchi di marmo bianco, venuta alla luce alla fine del XIX secolo nel sito dell’odierna piazza. Sono inoltre qui esposti materiali provenienti da vari scavi condotti nella città e pertinenti ad antichi edifici pubblici (edificio di via Aureliano Galeazzo; piscina romana di corso Bagni) e ad abitazioni private: si tratta di decorazioni architettoniche (capitelli, antefisse, cornici) in marmo, calcare e terracotta, sculture, arredi marmorei, affreschi. Da segnalare sono anche un’ampia porzione di mosaico pavimentale, recante un’iscrizione dedicatoria e i ricchi corredi di due tombe venute alla luce in via Alessandria, comprendenti, oltre a raffinati contenitori ceramici e vitrei, quattro strigili in bronzo argentato e un rhyton – un caratteristico “corno potorio” – in vetro: tutti manufatti la cui funzione si ricollega direttamente all’ambito termale, tipico della città.
La sala successiva illustra invece i molteplici aspetti della vita commerciale e produttiva della città antica. Una selezione delle decine di anfore riutilizzate in un antico impianto di bonifica, venuto alla luce in via Gramsci, testimonia l’intensità dei traffici commerciali che, tramite il porto di Savona, interessarono Aquae Statiellae. Dallo scavo della casa-laboratorio di via Cassino (situata nel suburbio dell’insediamento romano) proviene invece una ricca varietà di manufatti ceramici di uso comune: pentole, tegami, piatti, coppe e brocche, realizzati in serie e sicuramente destinati ad un commercio locale. L’insieme di queste produzioni, cui si affiancano altri reperti di particolare interesse, come le matrici per le lucerne e i pesi da telaio, rappresenta una significativa attestazione delle attività artigianali esistenti nella città romana.
L’ultima sala del museo è dedicata al periodo tardo-antico e medievale. Vi sono esposti l’epigrafe funeraria di un magistrato cristiano (databile agli inizi del V secolo d.C.), due corredi funebri di epoca longobarda, provenienti dagli immediati dintorni della città, e una selezione di materiali ceramici di epoca medievale (XIII-XIV secolo) rinvenuti nel corso di vari scavi condotti, in anni recenti, nel centro storico di Acqui Terme.
L’ininterrotta continuità d’insediamento intorno alla sorgente di acqua termale è infine testimoniata dall’abbondante vasellame da mensa, di epoca rinascimentale, rinvenuto negli scavi eseguiti in piazza della Bollente, con la cui esposizione si conclude il percorso museale.