La città moderna di Acqui Terme si colloca nel sito dell'antica Aquae Statiellae, uno dei centri nati in Italia Settentrionale nella prima metà del II sec. a.C. dopo la distruzionedella capitale degli Statielli, Carystum.

Non esistono tracce archeologiche di frequentazioni in età protostorica; tuttavia la presenza, già in età preromana, di un insediamento in questa particolare collocazione è plausibile ed è riconducibile alla presenza delle ricche sorgenti termali: già note dagli autori latini, esse hanno da sempre costituito l'elemento peculiare della città.

Ancora oggi il paesaggio cittadino è caratterizzato dalle rovine del grandioso acquedotto romano che consentiva di mescolare l'acqua bollente rendendola utilizzabile per varie attività curative e artigianali.

La riscoperta di tracce consistenti e preziose riconducibili all'antica città romana si può far risalire al sec. XVI, ma soltanto nel 1970 fu allestita una prima esposizione di reperti nel Castello dei Paleologi allo scopo di accogliere il patrimonio archeologico che veniva alla luce in seguito agli interventi edilizi pubblici e privati nell'ambito urbano e sul territorio.
Il museo è stato ora completamente rinnovato nei criteri espositivi per iniziativa del Comune di Acqui Terme con contributi della Regione Piemonte, sotto la direzione scientifica della Soprintendenza Archeologica del Piemonte.

Il museo ora riallestito costituisce un primo lotto del progetto complessivo di recupero del castello: questo primo settore, ad eccezione della preistoria, è interamente dedicato alla città, mentre il successivo ampliamento approfondirà i temi legati al popolamento del territorio.